大規模分子動力学における GPU 起動型通信の実践ガイド

記事の3ポイント

1. 1

   従来の CPU 仲介方式のボトルネック

   GROMACS のハロー交換アルゴリズムにおいて、CPU がデータ転送を仲介するため GPU が待機し、ピーク時処理時間の 50% 以上が消費される問題がある。

2. 2

   NVSHMEM を用いた GPU ネイティブ通信

   NVIDIA NVSHMEM ライブラリを採用することで、GPU カーネルが直接データ転送を開始し、CPU をクリティカルパスから排除する手法を提案している。

3. 3

   計算と通信のオーバーラップによる高速化

   CPU の仲介をなくすことで計算と通信を並行して実行可能になり、強スケーリングにおける性能限界突破が期待される。